La Academia Paraguaya de la Historia tuvo su origen en el “INSTITUTO HISTORICO NACIONAL” fundado el 11 de noviembre de 1895, por los señores: D. José D. Decoud, D. Blas Garay, D. Cecilio Báez, D. Venancio V. López, D. Teodosio González, D. José Tomás Legal, D. Manuel Amarilla, D. Manuel Domínguez, D. Pedro P. Caballero, D. Cleto Romero, D. Fabio Queirolo, D. Enrique Solano López, D. Víctor Soler, D. Facundo Insfrán, D. Emeterio González, D. J. Gaspar Villamayor, D. Benjamín Aceval, D. Héctor Velázquez, D. Pedro Peña, D. Alejandro Audivert, institución que funcionó con muchas interrupciones. Se desconoce si realizaron publicaciones, pero representantes del mismo participaron en eventos internacionales.

          Al conmemorarse el IV Centenario de la Fundación de Asunción, el 15 de Agosto de 1537, se constituyó el “Instituto Paraguayo de Investigaciones Históricas”, heredero del antecedente. También por las condiciones políticas imperante en aquellos años de la post-guerra del Chaco pudo trabajar interrumpidamente sobre todo en el período de la guerra civil iniciada en el año 1947, en que fueron deportados la mayoría de sus miembros.

           En el año 1956 al ser designado Presidente de la institución don Julio César Chaves se normaliza la vida académica, la publicación del Anuario “Historia Paraguaya”, con la publicación de cuarenta y siete volúmenes ininterrumpidamente a la fecha.

           Con la modificación del Estatuto en el año 1966 se transforma en “Academia Paraguaya de la Historia” de acuerdo a la resolución de una Asamblea Extraordinaria. Es de carácter civil y está constituida, con fines específicamente culturales. Fija su domicilio en la capital de la república.

            Actualmente cuenta con 29 Numerarios.

            También publica obras agotadas de la historiografía paraguaya.